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do_qp_dot_3cへの質問なのですが、回答が長くなるのと、私の他のテンプレでも同じように出来ますので、独立記事にしてお答えします。
QT☆miniさんの質問から抜粋

ここで、フリーエリアをプラグインカテゴリ３に使っています。
各ページで表示させるために
テンプレートのHTMLでindexタグを削除したら
中央上部に各ページで表示されるようになりました！

できれば、記事ごとにフリーエリアを挿入したいのですが
どのようにしたら良いでしょうか？

それが無理なら、各ページの最後にフリーエリアを挿入させる方法をが分かりましたらぜひ教えていただけませんか。

私のテンプレで、プラグイン3は、TOPページでも個別記事のページでも、記事エリアの上部に手軽に1個だけ表示させることを意図して、設定してありますので、テンプレの説明やスタイルシートに書いたように、当然そうなります～。indexタグの有無は、TOPページのみの表示か、個別記事や別のページに移った時でも表示するかどうかの違いだけですので、プラグイン3の表示場所などは、どちらでも変わりませんよー。
で、記事のすぐ下にプラグイン3に設置したフリーエリアを毎回、表示するには（下でいいですよね？）、HTMLの編集で、記事を繰り返し表示するというFC2の独自変数である
<!--topentry-->
～
<!--/topentry-->
の中に設置する必要があります。
その方法ですが、まず、HTMLの編集で、
<!--▼ プラグイン3ここから ▼-->
と
<!--/プラグイン カテゴリー3ここまで-->
に囲まれた固まりを探してください。
テンプレによっては、もしかしたら、「プラグイン3ここから」とかのコメントは書いてないかもしれないですが、どのテンプレも、
<!--plugin-->
<!--plugin_third-->
と
<!--/plugin_third-->
<!--/plugin-->
に囲まれた部分ということです。
もちろんその前後にある、TOPページのみに表示するというFC2の独自変数である
<!--index_area-->
と
<!--/index_area-->
も同時に移動してください……でもこの使い方でTOPページのみ表示ってあまりないと思うので、消してしまうのかな……いずれにしても、もしかしたらテンプレによっては、プラグイン3ここから等のコメントの外に書いてあるかもしれませんが、それだけを残したりはしないでくださいねー。

そして、そのプラグイン3のかたまりを、下の変数の直前に移動してください。

<!--/topentry-->
<!--/エントリーここまで-->

これで記事のすぐ下に、毎回プラグイン3が出現します。
（しかし、プラグイン3をこんな使い方してるテンプレ見たことなかったり；；）

プラグイン3は通常の使い方で、その位置にフリーエリアを設置したり、タグを直接書き込んだりも出来ますが、この記事はプラグイン3の表示場所変更方法にしておいた方が、後から見る人もわかりやすいと思いますので、フリーエリア設置方法は、次回、別の記事で説明しますね。（記事内に毎回同じタグを表示する方法なども）。

次は、プラグイン3をページ下部に表示する方法です。HTMLを編集します。
その1：常にページ下部に表示
<!--/trackback_area-->
<!--/トラックバックここまで-->
と
<!--▼ページ移動ここから▼-->
<div class="pnavi">
<!--prevpage-->
の間にプラグイン3のかたまりを移動してください。

その2：通常はページ下部に、<!--index_area-->～<!--/index_area-->を使わず、個別記事を開いた時は、個別記事のすぐ下に表示
<!--/topentry-->
<!--/エントリーここまで-->
と
<!--▼全記事リストここから▼-->
<!--titlelist_area-->
の間にプラグイン3のかたまりを移動してください。